研究證明，連花清瘟可以明顯抑制甲型流感病毒H3N2，H1N1、H5N1、H7N9、H9N2病毒，乙型流感病毒，SARS冠狀病毒等多種病毒；有效抑制多種細菌，有利于治療混合感染；退熱抗炎，止咳化痰；調節免疫，增強抗病康復能力，減少流感及肺部感染的反復發作，顯示出整體調節的特色優勢。對于普通感冒和流感早用藥，可以早發揮治療作用。對此，專家指出：“在臨床醫生公認最為嚴格的雙盲循證醫學研究中，連花清瘟顯示出有效減輕流感患者癥狀的治療效果，特別是出現高熱癥狀的患者在發病早期使用效果更好。”專家認為，中藥跟西藥的抗病毒概念不一樣，中藥有一個全身性調節的作用，這是中藥的特色和長處。對于普通感冒，一般的發熱、噴嚏、流涕等日常生活中一定要重視，早用連花清瘟，爭取時間獲得有效治療，以免病情遷延。

連花清瘟被廣泛應用于新冠肺炎患者收治醫院。20余家醫院共同參與的“中藥連花清瘟膠囊治療新型冠狀病毒肺炎前瞻性、隨機、對照、多中心臨床研究”結果顯示，連花清瘟在常規治療基礎上對新冠肺炎的治療安全有效，可以明顯改善新冠肺炎患者的臨床癥狀與臨床結局。

基礎研究發現，連花清瘟對新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）感染引起的細胞病變具有良好的抑制作用，明顯抑制新型冠狀病毒活性，減少病毒含量，并具有抗炎活性。

正因為有大量確切的基礎實驗和臨床研究證據，國家藥品監督管理局批準連花清瘟膠囊（顆粒）增加治療“新型冠狀病毒肺炎輕型、普通型”的新適應癥，用于新冠肺炎輕型、普通型，療程7-10天。

連花清瘟不只是治療新冠肺炎，它其實是治療流感、普通感冒的有效藥物。連花清瘟的多靶點治療特點，針對的是發熱、咳嗽、痰黏不能咳出、咽痛、乏力、肌肉酸痛這樣一個外感熱病的癥候群，作用機理在于多個靶點協同發揮抗炎、抗病毒、止咳平喘、祛痰、增強機體免疫的作用。它不像西藥退燒藥只單純退燒，抗病毒藥只單純抗病毒。

連花清瘟從2003年進入市場至今，已經獲得國家層面20余次方案推薦，從甲型流感、乙型流感、禽流感到新型冠狀病毒性肺炎，在十幾年我國發生的病毒傳染性重大公共衛生事件中，連花清瘟都獲得了治療方案推薦。連花清瘟膠囊的科研成果獲得了2011年度國家科技進步二等獎，這是其他同類藥物所不具備的優勢。