上海玉丹藥業有限公司的歷史淵源于上海黃山制藥廠，早在1968年，由上海市醫藥管理局在著名的旅游勝地——黃山，以上海市黃山茶林場中草藥加工廠為雛形而建。曾于1978年推出國內首創的白血病治療藥物“三尖杉”注射液。

1988年為適應浦東改革開放經濟形勢，在浦東南浦大橋側建設上海黃山制藥廠浦東分廠，按照GMP標準進行改擴建，選用先進的新型設備，工藝合理布局，在全封閉的10萬級凈化控制區內生產，片劑生產能力達到2.5億片/年，膠囊0.8億粒/年，當時屬國內先進水平。經營范圍擴大到中西成藥,半成品加工,日用化妝品,藥用化妝品。

2000年浦東分廠進行改制更名為上海玉丹藥業有限公司，全廠大力進行革新，完成了與國際先進技術水平和管理模式接軌的歷史任務，已成為初具規模的國際型企業。2003年在上海市政府的大力扶持下，上海玉丹藥業正式啟動新一輪的發展規劃，選址上海市松江區投資建設更大規模的生產基地，這標志著藥業發展的再一次飛躍。
現在的上海玉丹藥業有限公司，以國際大舞臺為背景，以中藥現代化為己任，在歐美先進的管理模式下，匯集了眾多海內外藥學、醫學博士，擁有一流的生產車間，采用現代化全自動化生產設備，引進國際標準資源管理系統（ERP）和客戶服務管理系統（CRM），不斷開拓進取，使上海玉丹藥業公司在科研和開發領域具國際領先水平。

歷經滄桑、從一家在特定歷史時期象征著艱苦奮斗的小廠，經過幾十年的發展，成為今天規模宏大，集綜合性、科技型、國際化于一身的新企業，玉丹藥業的發展幾乎是我國醫藥企業發展的縮影，她所代表的先進（技術）生產力，先進（企業）文化，反映了新的歷史時期的發展方向，玉丹藥業必將與時俱進，更好地為人類健康服務。